Регалии: 3-кратный олимпийский чемпион (1900, 1904, 1908) в метании молота; серебряный призер Олимпийских игр (1904) в метании 56-фунтового веса; 7-кратный чемпион США в метании молота.
Родился 9 января 1873 года в Килбриди, Лимерик (Ирландия).
Джон Джезус Флэнаган в молодости эмигрировал в США, где начал работать в полиции. В свободное время занимался метанием молота и семь раз становился чемпионом Соединенных Штатов в этом виде легкоатлетической программы.
На Играх-1900 в Париже Флэнаган отправил снаряд на 51 метр 01 см и стал первым олимпийским чемпионом в метании молота (этот вид включили в программу вторых Игр). Соотечественник Тракстон Хейр отстал намного - 46 метров 26 см. Необходимо также уточнить, что в соревновании принимали участие всего пять спортсменов - три американца и два шведа. В метании диска Флэнаган занял седьмое место.
На Играх-1904 в Сент-Луисе Джон защитил свой титул олимпийского чемпиона, метнув молот на 51 метр 23 см. Здесь спор за награды вели шестеро спортсменов (все американцы). Флэнаган также стал серебряным призером в таком экзотическом виде программы, как метание 56-фунтового веса. Победу одержал канадец Этьен Демарто (10 метров 46 см), опередивший пятерых американцев, в том числе Флэнагана (10 метров 16 см). Джон на этих Играх также стал четвертым в метании диска.
Через четыре года в Лондоне-1908 награды в метании молота оспаривали уже 19 спортсменов, однако ни одному из соперников не удалось превзойти Флэнагана, отправившего снаряд на 51 метр 92 см. Таким образом, Джон стал трехкратным олимпийским чемпионом в метании молота.
За годы карьеры 16 раз обновлял мировые рекорды - улучшил результат с 44 метров 47 см в 1895 году до 56 метров 18 см в 1909 году.
Завершив выступления в 1911 году, Джон Флэнаган вернулся в Ирландию, а после смерти отца в 1924 году поселился в родном доме.
Скончался 3 июня 1938 года в Килбриди, Лимерик (Ирландия).