Регалии: 3-кратный чемпион России (1999, 2000, 2001); 2-кратный обладатель Кубка России (1995, 2003).
Родился 5 января 1970 года в Азове Ростовской области (Россия).
Юрий Ковтун - левый защитник, воспитанник ростовского спортивного интерната. Лучшие годы карьеры провел в московском «Динамо» (1993-1998) и московском «Спартаке» (1999-2005), в составе которого стал трехкратным чемпионом России.
За сборную России Юрий Ковтун провел 50 матчей, забил два мяча, но запомнился автоголом в ворота Станислава Черчесова на 89 минуте матча против сборной Исландии (14 октября 1998 года), из-за чего россияне потерпели поражение.
Ковтун также заработал репутацию одного из самых грубых игроков российского чемпионата. В национальных первенствах он 10 раз удалялся с поля и получил 97 желтых карточек. Всего же за карьеру на счету Ковтуна 14 красных и 141 желтая карточки. Позже этот рекорд был превзойден армейцем Дейвидасом Шемберасом.
Завершив выступления, перешел на тренерскую работу. Возглавлял клуб МВД России (2007-2009), входил в тренерские штабы белгородского «Салюта» (2010) и нижегородской «Волги» (2013-2014).
В 2015 году назначен старшим тренером команды «Тосно» из одноименного города Ленинградской области, затем входил в тренерские штабы московского "Динамо" (2016-2017), "Урала" из Екатеринбурга (2020), тульского "Арсенала" (2020-2021), московской "Родины" (2022-2023). В 2023 году отправился в казахстанский клуб "Актобе".