Родился 13 апреля 1846 года в Брако, Пертшир (Шотландия).
Уильям Макгрегор считается главным инициатором создания английской Футбольной лиги. Переехав в Бирмингем, Макгрегор около 20 лет занимал различные руководящие должности в местном клубе «Астон Вилла». Педант по натуре, он никак не мог смириться с тем, что матчи проводятся хаотично, часто отменяются и в целом в футболе отсутствует система как таковая.
Когда в 1888 году терпение Макгрегора иссякло, он организовал встречу представителей ведущих клубов, на которой и было принято историческое решение о создании лиги.
Сам Уильям Макгрегор в разные годы был и президентом Английской футбольной лиги, и руководителем Футбольной ассоциации.
Скончался 20 декабря 1911 года в Бирмингеме (Англия).