Регалии: Олимпийский чемпион (2004) на байдарке-двойке; серебряный призер Олимпийских игр (2000) на байдарке-двойке; 2-кратный чемпион мира (2002, 2003) на байдарке-двойке; серебряный (2011) и 3-кратный бронзовый (1997, 2001 - 2 медали) призер чемпионатов мира; чемпион Европы (2002); серебряный призер чемпионата Европы (2002).
Родился 15 февраля 1976 года в Нючёпинге (Швеция).
Хенрик Нильссон с раннего детства занимался греблей на байдарках в городском клубе «Нючёпингс», но на международных соревнованиях начал выступать лишь в 20-летнем возрасте. Благодаря череде удачных выступлений на внутренних соревнованиях был включен в экипаж байдарки-четверки и отправился на Игры-1996 в Атланту. Здесь Хенрик вместе с товарищами занял пятое место.
Через четыре года в Сиднее-2000 Нильссон выступал на байдарке-двойке вместе с Маркусом Оскарссоном. Этот дуэт занял девятое место на дистанции 500 метров, а в заезде на 1000 метров лишь на самом финише уступил итальянскому экипажу Антонио Росси - Беньямино Бономи.
Перед Играми-2004 в Афинах Нильссон и Оскарссон дважды подряд победили на чемпионатах мира в Севилье (2002) и Гейнсвилле (2003) на километровой дистанции. В столице Греции шведский экипаж также не оставил соперникам шансов на 1000 метров, в то время как на дистанции вдвое короче не сумел пробиться в число финалистов.
В 2011 году Хенрик после долгого перерыва решил вернуться в большой спорт. Вместе со своим постоянным напарником Оскарссоном он отобрался на Олимпиаду-2012 в Лондоне, но здесь шведы стали лишь пятыми на свой коронной километровой дистанции.