Регалии: Бронзовый призер юношеского первенства Европы (1994); обладатель Кубка Молдавии (1999).
Родился 4 сентября 1977 года в Днепропетровске (Украина).
Сергей Перхун стал самым юным голкипером, сыгравшим в высшей украинской лиге. Выступал за днепропетровский «Днепр», в 1999 году перешел в «Шериф», с которым выиграл Кубок Молдавии, в 2001 году оказался в ЦСКА. Успел провести за армейский клуб 13 матчей, ни в одном из которых не пропустил более одного мяча (шесть «сухих» матчей).
15 августа 2001 года дебютировал в составе сборной Украины, а 18 августа в Махачкале получил тяжелую травму головы в столкновении с нападающим «Анжи» Будуном Будуновым (оба получили тяжелое сотрясение мозга и были доставлены в больницу). Перхун оставался в сознании до окончания матча, но по дороге в аэропорт впал в кому.
Был доставлен в московский институт нейрохирургии имени Бурденко, однако несмотря на все усилия врачей, 28 августа скончался от отека головного мозга.
Похоронен 30 августа на Запорожском кладбище в Днепропетровске. На похоронах Сергея Перхуна присутствовало около 10 тысяч человек. На оставшихся матчах сезона болельщики ЦСКА выставляли на трибунах огромную футболку с номером и фамилией Перхуна.
В Днепропетровске регулярно проводился турнир памяти Сергея Перхуна. В 2010 году было объявлено, что в Днепропетровске будет построен стадион «Гвардия» имени Сергея Перхуна, при котором будет работать музей памяти вратаря.