Регалии: Серебряный призер чемпионата СССР 1986 года; в качестве тренера московского «Динамо» довел команду до финала Кубка России (2012); дважды приводил дублирующий состав московского «Динамо» к победам в молодежном первенстве страны (2002, 2003).
Родился 2 марта 1961 года в Люберцах (Московская область).
Большую часть игровой карьеры провел в «Динамо» (Москва), дебютировал за которое в июле 1983 года. Выступал на позиции защитника. В общей сложности за клуб сыграл 117 матчей (1 гол).
После окончания карьеры перешел на тренерскую работу. Дважды с дублерами «Динамо» выигрывал молодежное первенство страны, а в 2010 году динамовские юниоры (игроки 1996 года рождения) в финале Международной детской Лиги чемпионов разгромили лондонский «Челси».
С конца апреля 2011 года исполнял обязанности главного тренера «Динамо» (затем был утвержден в должности). Под руководством Сергея Силкина бело-голубые дошли до финала Кубка России, но уступили «Рубину».
В чемпионате 2011/12 «Динамо» заняло четвертое место. В сезоне 2012/13 игра у команды не заладилась, и в августе 2012 Силкин написал заявление об уходе.