Регалии: Заслуженный мастер спорта СССР; 2-кратный бронзовый призер Олимпийских игр (1960, 1964) в эстафете 4х10 км; бронзовый призер чемпионата мира (1962) в эстафете 4х10 км; 8-кратный чемпион СССР в гонке на 15 км (1960, 1962, 1964) и эстафете 4х10 км (1960, 1962-1965).
Родился 25 ноября 1936 года в селе Дуван, Башкирия (Россия).
Геннадий Ваганов был включен в сборную СССР в 1959 году, а уже в следующем сезоне выступил на Играх-1960 в Скво-Вэлли, где завоевал бронзовую медаль в эстафете вместе с Анатолием Шелюхиным, Алексеем Кузнецовым и Николаем Аникиным. Советский квартет уступил соперникам из Финляндии и Норвегии.
На этой Олимпиаде в мужских лыжных гонках разыгрывалось всего четыре комплекта медалей. На 50-километровой дистанции Ваганов стал седьмым, а в гонках на 15 и 30 км остановился в шаге от пьедестала.
На чемпионате мира-1962 в польском Закопане Геннадий вновь выиграл бронзу в эстафете, не сумев пробиться на пьедестал в гонках на 30 и 50 км.
На Играх-1964 в Гренобле советские лыжники финишировали третьими в эстафете, пропустив вперед шведов и финнов. В этот раз в составе эстафетной команды с Вагановым выступали Иван Утробин, Игорь Ворончихин и Павел Колчин.
Завершив карьеру, Геннадий Викторович перешел на тренерскую работу. За подготовку лыжников высокого класса в 1993 году удостоился звания Заслуженный тренер России.