Регалии: Заслуженный мастер спорта СССР; международный гроссмейстер; 2-кратный победитель Всемирных шахматных олимпиад (1984, 1986); 2-кратный победитель командных чемпионатов мира (1985, 1989); 3-кратный победитель командных чемпионатов Европы (1980, 1983, 1989); чемпион СССР (1989); многократный победитель и призер международных турниров.
Родился 15 октября 1951 года в Ереване (Армения).
Рафаэль Ваганян начал заниматься шахматами в 5-летнем возрасте и с ранних лет подавал большие надежды. В 16 лет он стал победителем первенства СССР среди школьников, а в 18 - победителем крупного юношеского турнира в Гронингене. Долгое время Ваганян соперничал с Анатолием Карповым, будущим чемпионом мира. Всего лишь на год позже Карпова получил звание международного гроссмейстера, причем на тот момент Рафаэль еще не был международным мастером.
В советский период Ваганян неоднократно выступал за сборную СССР на крупных международных соревнованиях. Дважды победил на Всемирной шахматной олимпиаде, в 1985 году показав лучший результат на третьей доске - 8,5 очка из 10 возможных.
Ваганян также дважды первенствовал вместе с командой на чемпионатах мира.
Несмотря на то что Рафаэль Ваганян ни разу не принимал участия в Матчах за мировую шахматную корону, он считался одним из лучших шахматистов мира, неоднократно побеждал и становился призером на международных турнирах высшей категории.