Родился 26 февраля 1980 года в Прешове (Словакия).
Мартин Якубко - центральный нападающий. На родине играл за «Татран» (1999-2002), «Букоцел» (2002) и «Дуклу» из Банска-Бистрица (2003-2006, 2011).
Переехав в Россию, выступал за подмосковные «Сатурн» (2006-2008, 2010) и «Химки» (2008), ФК «Москва» (2009), московское «Динамо» (2010) и пермский «Амкар» (2012-2015).
Последний сезон в карьере провел в словацком клубе «Ружомберок» (2015-2016).
За сборную Словакии выступал с 2005 по 2015 год, провел в ее составе 41 матч, забил 9 мячей.